初めての年末調整事務をスムーズにするための流れ

会社は従業員の毎月の給与や賞与から所得税を差し引いています。しかし、これまで差し引いてきた所得税の金額は概算の金額に過ぎません。

 

年末調整は、年間の給与額から求めた所得税の金額と、これまで差し引いてきた所得税の金額が一致するよう追加の徴収や還付を行い、精算する手続きです。

 

ここからは、年末調整事務の流れを解説するので、全体の流れを理解しておきましょう。

ステップ1：書類を集める

年末調整業務を行うためには、従業員から書類の提出を求めなければなりません。具体的な書類については後述しますが、扶養控除等（異動）申告書や控除関係書類などが必要です。

 

一般的には、10月中旬以降に必要書類の提出を依頼します。依頼するときは、社内メールなどを活用し、従業員全員に漏れなく周知できるようにしましょう。

 

また、従業員から書類提出を求めるときは、明確な期限を設けてください。期限に遅れた場合は年末調整ができない可能性があることを事前に伝えておくと、トラブル防止に繋がります。

ステップ2：控除額と税金を計算し過不足を精算する

従業員から回収した書類をもとに控除額と税金額を計算し、毎月差し引いた金額（源泉徴収税額）と照らし合わせます。

 

このとき、今まで徴収した源泉徴収税額が計算した税金の金額を上回っているときは、税金の納め過ぎが生じているため還付の手続きが必要です。逆に、源泉徴収税額が計算した税金の金額を下回っているときは、不足が生じているので追加の徴収を行います。

 

過分の還付や不足分の追加徴収については、12月分の給与で調整し、精算するのが一般的でしょう。

 

従業員の給与などから毎月差し引いた所得税の金額を確認するときは、源泉徴収簿や給与台帳などを確認するとわかりやすいでしょう。源泉徴収簿は法令で定められた書類ではありませんが、税務調査の際に税務署から提出を求められることがあります。また、作成しておくと事務がスムーズになるため、作成しておきましょう。

 

参考：国税庁「A2-2　給与所得・退職所得に対する源泉徴収簿の作成」

ステップ3：源泉徴収票を作成し渡す

年間の給与額や所得控除の合計額、社会保険料額などを確認して源泉徴収票を作成したら本人に交付します。源泉徴収票の従業員への交付時期は、12月の給与明細と同時に渡すのが一般的です。

 

また、源泉徴収票には個人番号を記載する欄がありますが、複写のうち本人交付用には個人番号は記載しません。個人番号の記載は税務署提出用で必要となるため、様式誤りには注意しましょう。

ステップ4：税金の過不足を反映して税金を納付する

従業員本人の給与から徴収した所得税は、納付書を使って納めます。過不足を調整した金額について、納付書の以下の欄に記載して内容を反映させましょう。

 

・納め過ぎにより還付したとき…「年末調整による超過税額」の欄に金額を記載

・不足により徴収したとき…「年末調整による不足税額」の欄に金額を記載

 

年末調整によって徴収した所得税については、毎月納付の場合は翌年1月10日までに納付が必要です。半年に1回納付の納期の特例は、翌年1月20日までです。

 

年始に作業すると慌ててしまい、納付誤りに繋がる恐れがあるため、計算などの作業は早めに終わらせておくことをおすすめします。

 

参考：国税庁「所得税徴収高計算書（納付書）の記載のしかた」

ステップ5：法定調書合計表と給与支払報告書を作成して提出する

最後に、法定調書合計表と給与支払報告書を作成し提出します。法定調書合計表とは、源泉徴収票や支払調書の合計を記入し、管轄の税務署に提出する書類です。従業員の人数や源泉所得税額などを記載します。

 

一方、給与支払報告書は会社が従業員に対して、いくら給与を払ったのかを市町村に報告するための書類です。法定調書合計表と給与支払報告書の提出期限は、いずれも1月31日ですが、給与支払報告書は各従業員が1月1日現在で居住している市町村に提出します。

 

年末年始の長期休暇で従業員が引っ越しをするケースは珍しくありません。正しい提出先を把握できるよう、住居の異動があったときは早めに報告するよう案内しておきましょう。

年末調整で会社に提出する書類例

年末調整に伴い、従業員が用意する書類には、「必ず提出する書類」と「必要に応じて提出する書類」があります。必ず提出する書類は、年末調整を受ける全従業員に提出を促します。提出がなければ年末調整ができません。

必ず提出する書類	必要に応じて提出する書類
・扶養控除等（異動）申告書 ・基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書	・保険料控除申告書と各種控除証明書 ・住宅借入金等特別控除申告書と残高証明書 ・前職の源泉徴収票

必要に応じて提出する書類は、控除の適用を受けるときなどに必要です。それぞれの書類について紹介します。

扶養控除等（異動）申告書

扶養控除等（異動）申告書は、給与所得者が扶養控除などの所得控除を受けるために必要な書類です。この書類を提出することで、扶養による諸控除を反映させて所得税の計算が可能になります。

 

また、扶養控除等（異動）申告書がない場合は、年末調整ができません。2カ所以上で働いている方は、1カ所のみ提出できます。年末調整できない可能性があるため、従業員から提出がない場合は、提出しない理由を確認しましょう。

 

扶養控除等（異動）申告書を提出することで、適用される控除には主に以下があります。

 

・配偶者控除

・扶養控除

・寡婦控除

・ひとり親控除

・勤労学生控除

 

ただし、扶養控除等（異動）申告書は扶養控除の有無を確認するために必要な書類でもあるため、単身などで扶養親族がいない場合でも提出は必要です。扶養親族がいない場合は、名前や住所などの情報を記入し、それ以外は空欄で提出します。

基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書

基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書とは、給与所得者が以下の控除を受けるために必要な書類です。

 

・基礎控除

・配偶者（特別）控除

・所得金額調整控除

 

基礎控除は、年間の合計所得額が2,500万円以下の人に適用される控除です。所得額に応じて最大48万円の控除が受けられます。その他、生計同一の配偶者の合計所得額が48万円以下のときに従業員に適用される38万円の配偶者控除や、給与収入が850万円を超える従業員が条件を満たしたときに適用される所得金額調整控除もこの書類が必要です。

保険料控除申告書と各種控除証明書

生命保険や地震保険、社会保険料額など、従業員本人が支払った保険料も控除の対象になります。そのため、保険などの支払があるときは「保険料控除申告書」と内容確認の書類として「各種控除証明書」が必要です。

 

保険料控除申告書で適用される控除と対応する控除証明書には主に以下があります。

 

・生命保険料控除…保険料控除証明書

・地震保険料控除…地震保険料控除証明書

・社会保険料控除…領収証書など

・小規模企業共済等掛金控除…小規模企業共済掛金控除証明書

 

保険料控除申告書には保険契約の内容や支払った保険料額を記載し、保険会社から送られてくる各種控除証明書を添付します。

 

また、従業員が国民健康保険や家族の年金保険料を支払っているなど、会社側で社会保険料の金額が把握できない場合は、年間の支払額がわかる書類を用意してもらいましょう。

住宅借入金等特別控除申告書と残高証明書

住宅ローン控除の適用を受ける最初の年は確定申告を行いますが、翌年以降は年末調整で控除を適用できます。

 

住宅借入金等特別控除申告書は、住宅ローン控除の適用を受けるときに必要な書類です。また、控除額はローンの残高によって異なるため、金融機関で発行する残高証明書が必要になります。

 

ちなみに、住宅ローン控除の適用には以下の条件を全て満たさなければなりません。

 

・住宅取得後、6ヶ月以内に居住している

・控除の適用を受ける年の12月末日まで継続して居住している

・控除を受けようとする年の合計所得金額が3,000万円以下

・住宅ローンの返済期間が10年以上残っている

・登記簿上の床面積が50㎡以上

・中古住宅の場合、耐火建築物25年以内、耐火建築物以外の物件は20年以内の建物

・贈与によって取得した住宅ではないこと

 

条件を知らない従業員が申告してくる可能性もあり得るので、ぜひ知っておきましょう。初年度は確定申告が必要なため、源泉徴収票と必要書類を準備して確定申告するように説明するといいでしょう。

 

参考：国税庁「No.1212 一般住宅の新築等をした場合(住宅借入金等特別控除」

関連記事：個人が税理士に相談できることの具体例とは？打ち合わせをスムーズにするポイント

前職の源泉徴収票

転職に伴う入社のときは、従業員に前職の源泉徴収票を提出してもらいましょう。源泉徴収票では、前職で支給された給与額と給与天引きされていた所得税額や社会保険料額がわかります。

 

転職による入社の場合、前職分の給料額と自社が支払った給料額などを合算して年末調整を行わなければなりません。前職の源泉徴収票がない従業員がいる場合は、その従業員の年末調整は実施できないので注意しましょう。

 

以下の記事では、源泉徴収票がないときの対応についてくわしく解説しています。同様のケースでお困りの方はぜひお読みください。

 

関連記事：源泉徴収票がないと年末調整はどうなる？対処法や間に合わないケースを解説

年末調整事務は難しい？効率的に終わらせるポイント

初めての年末調整事務は、不慣れなこともあり、作業に時間がかかるでしょう。業務が遅延すると、税務署への書類提出が遅れるなどの悪影響を及ぼします。ここからは、年末調整を効率的に終わらせるポイントを6つ紹介します。

 

・必要書類の提出期限を設ける

・期限に余裕をもって準備する

・チェックリストを作成する

・年末調整の申告を電子化する

・最新の税制改正に対応した会計ソフトを導入する

・税理士に依頼する

 

くわしく解説していきます。

必要書類の提出期限を設ける

従業員に提出してもらう書類には必ず期限を設けましょう。特に、年末にかけて決算期を迎える会社では、従業員の業務も多忙になります。期限がないと従業員の準備がルーズになり、経理担当の業務負担に繋がってしまいます。

 

また、従業員からの書類提出が期限に間に合わない場合、会社側は以下の対応を取ることになります。

 

・従業員本人に確定申告をしてもらう

・源泉徴収票を交付する前で翌年1月末までなら再年末調整を実施

 

期限が間に合わないときの対応については、事前に従業員に周知しておくと良いでしょう。

期限に余裕を持って準備する

年末調整事務を滞りなく行うには、余裕を持って準備することが大切です。年末調整に関係する事務については、以下のスケジュールで対応するのが一般的です。

 

・10月～12月…従業員に年末調整の案内と申告書の用紙を配布して回収

・12月～1月初旬…確定した所得税額と源泉徴収税額を精算し、還付や追加の徴収を行う

・1月中旬以降…10日までに年末調整後の所得税を納付、月末までに税務署などに書類提出

 

期限間近での準備は、ミスの誘発に繋がりかねません。正しく事務を行うためにも、スケジュールを見据えて準備を行いましょう。

チェックリストを作成する

業務の進捗を把握するには、チェックリストの作成がおすすめです。業務を行う中で、書類が揃ったかわからなくなることも珍しくありません。提出書類のチェックリストを作成し、従業員に配布することでミスを最小限に抑えることが可能です。

 

ちなみに、国税庁のホームページには、各控除ごとのチェック表が掲載されています。 活用する方は以下のリンクから印刷や保存を行ってください。

 

参考：国税庁「令和6年分 年末調整チェック表」

年末調整の申告を電子化する

年末調整の書類の提出方法には、紙による提出と電子データによる提出があります。年末調整を電子化することは、従業員と会社側に多くのメリットがあります。

 

従業員のメリット	会社のメリット
控除額の計算作業などを省くことができ、作業が簡単になる	・計算作業が不要になる ・従業員からの問い合わせ対応が減る ・書類の保管スペースが激減し、ファイルなどの事務用品のコスト削減ができる

 

電子化によって作業の効率化が可能になるだけでなく、コスト削減も期待できるでしょう。

年末調整の電子化の進め方については、国税庁のホームページでくわしく確認できます。年末調整までに時間がある企業は、ぜひ導入を検討してみましょう。

 

参考：国税庁「年末調整手続きの電子化に関するパンフレット」

最新の税制改正に対応した会計ソフトを導入する

税制改正は毎年行われています。控除額などの内容が大幅に改正される年もあるため、古い会計ソフトでは「徴収する税金額に誤りがある」「最初から作業をやり直す」などの悪影響を及ぼす可能性があります。

 

会計ソフトには、パソコンにインストールして動作させる「インストール型」とインターネットのクラウドで完結する「クラウド型」があります。インストール型はアップデートを失念すると古い情報のままになる恐れがあるので、導入の際はクラウド型がおすすめです。

税理士に依頼する

初めて業務を行うときは税理士に依頼しましょう。インターネットでは、これまでの税制に対応した情報は得られますが、新制度の情報や事務のノウハウを得られにくいのも事実です。

 

また、令和6年は新制度である定額減税が実施されており、インターネットの情報だけをもとに事務を進めると、必要な作業を見落としてしまう可能性があります。

 

毎年改正される税制によって、年々作業が変わることも珍しくありません。初めて業務を行うときは、前年度との違いに気づきにくいため、税理士に依頼することをおすすめします。

 

石黒健太税理士事務所では、年末調整の代行業務や年末調整業務に関する相談を承っています。無料でご相談も可能ですので、まずはお気軽にご相談ください。

関連記事：年末調整を税理士に頼むとどこまでしてくれる？報酬相場と提出するものを解説

初めての年末調整事務で知っておくべきこと

年末調整事務では想定外の出来事によって、対応に困惑することも珍しくありません。年末調整事務を行うにあたり、以下のことを知っておきましょう。

 

・年末調整は省略できない

・年末調整の対象にならない人もいる

・支払日によって対象の給与が異なる

・控除証明書の再発行には時間がかかる

・罰則がある

 

くわしく解説していきます。

年末調整は省略できない

会社は従業員の年末調整を行う義務があるため、手続きは省略できません。原則的に12月31日在籍の全従業員を対象として事務を行わなければなりません。途中入社した従業員や12月いっぱいまで勤務して退職した従業員も対象です。

 

しかし、従業員から必要書類が提出されないなど、年末調整が困難なケースもあるでしょう。対応が困難なときは、従業員に確定申告を行うよう案内するなどの対応が必要です。

年末調整の対象にならない人もいる

原則、全従業員について対応が必要な年末調整ですが、年末調整の対象にならない人もいます。対象にならない人については、以下の通りです。

 

・年間の給与総額が2,000万円を超える人

・扶養控除等（異動）申告書を提出していない人

・災害免除法の規定により所得税の源泉徴収について徴収猶予や還付を受けた人

 

また、12月入社の従業員については、年末調整が対象になる人と対象外となるケースに分かれます。12月入社の従業員がいるケースの詳細は以下の記事で解説しています。

 

関連記事：12月退職が年末調整の対象者になるケースとは？1月支給と年末調整以外の注意点

支払日によって対象の給与が異なる

年末調整の対象となる収入は、1月～12月の間に支給された給与と賞与です。そのため、給与を当月払いにしている会社と翌月払いにしている会社では、以下の通り、年末調整の対象となる給与が異なります。

 

・当月払いの会社…1月分～12月分の給与が年末調整の対象（1月～12月支給）

・翌月払いの会社…12月分～11月分の給与が年末調整の対象（1月～12月支給）

 

翌月払いのときの対応については、以下の記事でくわしく解説しています。対応にお悩みの方はぜひお読みください。

 

関連記事：年末調整とはいつからいつまでの収入が対象？12月分を1月支払いする場合の対処法を解説

控除証明書の再発行には時間がかかる

各種控除証明書を紛失したときは、従業員から保険会社などに控除証明書の再発行を依頼してもらいます。しかし、再発行して従業員の手元に届くまでには時間がかかるため、依頼時期によっては年末調整に間に合わない可能性があります。

 

書類の再発行に時間がかかり、手続きが間に合わない場合は、扶養控除等（異動）申告書など、他の書類を先に提出してもらうことで、後日再年末調整が可能です。再年末調整は年末調整での金額や内容に変更があったときに修正などができる手続きです。

 

ただし、再年末調整での対応は、以下の条件を満たす必要があります。

 

・源泉徴収票の発行前であること

・翌年1月31日までの期間であること

 

再年末調整での対応も困難なときは、本人に確定申告をしてもらわなければなりません。

罰則がある

先ほどもお伝えした通り、年末調整は会社の義務です。そのため、年末調整事務を怠った場合、法律違反として以下の罰則が適用される恐れがあります。

 

・1年以下の懲役または50万以下の罰金

・10年以下の懲役または200万円以下の罰金

 

また、従業員から徴収した所得税の納付が遅れると、納期限の翌日から延滞税の計算が始まり、発生した延滞税は本税と併せて納付しなければなりません。以下の記事では、年末調整しない場合のリスクなどをくわしく解説しています。

 

関連記事：年末調整しないとどうなる？年末調整しないで確定申告のみはできない理由と会社側のリスク

初めての年末調整事務の悩みは気軽に相談を！

年末調整事務をスムーズに進めるには、全体の流れを把握した上での早めの準備や、電子化による効率化などの対応が大切です。

 

しかし、想定外の出来事によって作業が頓挫することも珍しくありません。年末調整は期限のある手続きのため、お困りの時は早急に税理士への相談がおすすめです。

 

石黒健太税理士事務所では、年末調整事務の代行やケース別の相談も承っています。多くの企業様で年末調整事務をサポートさせていただいた経験をもとに、業務への具体的な提案もさせていただきます。

無料相談も行っていますので、初めての年末調整事務でお困りの方は、ぜひお気軽にお問い合わせください。